手術室凈化施工需要按照一定的流程來操作，按照步驟（procedure)一步步進行，才能將手術室凈化過程做的精細完美。
第一步、控制（control)氣流，手術室內含有一定的氣流，簡單的說有很多有害物質在空氣中，我們要做的是把空氣中有害的物質過濾掉。
第二步、初級凈化，在手術室這一定的空間范圍，我們要將此范圍空氣中的微粒子、有害氣體、特殊結構:莢膜、鞭毛、菌（fungus)毛等污染物質排除（Remove)，并將室內潔凈度、壓力、溫度（temperature)、氣流速度、噪音(分貝（dB))、照明及靜電(是一種處于靜止狀態的電荷)控制（control)在手術室中。手術室凈化手術室須嚴格劃分為限制區(無菌手術間)、半限制區(污染手術間)和非限制區。三區分隔開的設計有二：一為將限制區與半限制區分設在不同樓層的兩部分，這種設計可徹底進行衛生學隔離，但需二套設施，增加工作人員，管理不便；二為在同一樓層的不同段設限制區和非限制區，中間由半限制區過渡，設備共用，這種設計管理較方便。
第三步、溫濕處理，由于氣流速度的關系，在一定的范圍內室內的溫度（temperature)、濕度會產生變化造成空氣無法流通，因此我們要使用空調系統使氣流流通，進而控制（control)室內的溫濕。
第四步、空氣過濾，這里我們使用的是初效過濾器(作用:過濾雜質等)進行空氣過濾。我們要將室內空氣中≥0.5μm的微粒數過濾，將空氣菌（fungus)過濾，過濾容易產生化學反映的一些不必要的空氣。
第五步、將過濾的空氣送出房間，這里我們使用的是 凈化管道送風，俗稱：送風管道
第六步、再次進行空氣過濾，這里我們使用高效過濾器(作用:過濾雜質等)進行過濾，讓空氣潔凈度更加適應手術室。手術室裝修層流手術室不僅要求高度潔凈的空氣（進入手術室的空氣首先須經高效過濾器凈化），而且要求能控制氣流的流通方向（即采用層流超凈裝置），使氣流從潔凈度高的手術區域流向潔凈度低的區域，并帶走和排出氣流中的塵埃顆粒（塵粒）和細菌。
第七步、再次送風，我們使用高效送風口或FFU送風單元，再次將過濾后的空氣送出手術室。將潔凈氣流送入手術室。
第八步、正壓送同風。凈化手術室由于手術室要嚴格控制低細菌數及低麻醉氣體濃度，所以層流超凈裝置的穩定性是層流凈化手術室的重要驗收指標。由于歐美手術室潔凈標準與中國環境存在細微差別，常規的國際標準和國內區域行業標準都普遍難于確保手術室凈化的長期穩定（一般只能3-10年重建、低檔工程1年即需要翻新），所以在工程質量方面出現了明顯的檔次劃分。回風，空調系統將局部（part)環境中的風經過凈化后再送回局部環境。百葉管道。初級過濾，再次循環（continue)。