在建設潔凈手術室時，一定要注意控制二次微生物污染，二次微生物污染指的是空調處理裝置中積累的細菌和灰塵，在合適的溫度濕度條件下，就會產生有害物質，而這些有害物質很大一部分是無法通過高效的過濾器來過濾的，從而構成了微生物污染。凈化手術室中，空調處理裝置在運行時會積累細菌和塵粒，在停運期間，高溫高濕的環境和塵粒提供的營養為微生物繁殖提供了最有利的條件。新繁殖的微生物及其釋放出的有害氣味氣體和大量有害代謝物、尸體和碎片——這之中有很大一部分是高效過濾器不能阻擋的，于是就構成了微生物二次污染。

　　及時的清潔、維護過濾器，可以有效的避免二次微生物污染。醫院應有完善的定期清潔、維護的管理制度，并且要做靜態和動態監測，嚴密監控空調處理設備的效果，分析凈化手術室內微生物和塵粒的來源，針對性的提升凈化效率。

　　低質量的手術室潔凈工程不僅會威脅到患者的生命安全，還會間接影響醫院的長遠效益。隨著國家對醫療衛生安全重視程度的不斷增加和院方企業責任感的增強，已經促使十級潔凈工程開始由價格競爭轉向價值競爭，并不斷增強自身的技術能力和服務水平。