手術室的清潔主要分為兩部分：手術設備和凈化設備。這些設備都要用濕布擦拭，不宜使用掉纖維的織物材料，以免纖維漂浮到空氣中。由于手術過程中有產生一定的細菌，因此對設備的清潔要使用消毒液，殺滅依附在設備上的細菌。

　　一般來說，是先實施手術室凈化工程，建設潔凈手術室，而后安裝醫療設備，各種儀器設備在進入手術間前，應組裝完畢，擦拭干凈。每天應在手術前、后，用消毒液各擦拭1次無影燈、器械車、麻醉桌、手術床、壁柜等各種器材表面及地面。現在醫療資源緊張，做手術往往要排隊，潔凈手術室也是滿負荷運行，一個手術室一天內有幾臺手術，因此清潔工作也比較繁重。

　　過濾器是凈化手術室的主要凈化設備，尤其是高效過濾器，是空氣進入室內的最后一道屏障，手術室凈化工程不可或缺。每半個月，須對粗過濾器、中效過濾器、回風口裝置清洗1次，用500mg/L含氯消毒劑(高效)濕拭，以確保塵埃過濾效果，能達到無菌切口感染率小于或等于0.2%的效果。

　　待清潔工作完成后，雖然已經沒有手術要做了，但手術室凈化空調系統應繼續運行15～20min，再關閉空調，使室內空氣達到潔凈。這主要是為了避免細菌太多，一夜之間又繁殖了許多，增加了第二天手術凈化的難度。在手術前1小時將凈化設備打開維持低速運行狀態，手術前30～40分鐘調至高速運行。

　　除此之外，每月要厲行對手術室空氣、器材表面進行采樣做細菌培養，確保潔凈度在控制范圍內，另外也可看出凈化設備運行是否正常，效率如何，是否需要更換設備。對于醫用凈化工程來說，這些工作雖然有些繁瑣，但都是不可或缺的。